人类自古对天空着迷，因此逐渐创造许多高科技的飞行机械，最后人类创造了飞行城市与要塞。后来飞行城市被毁，幸存的人们返回地面。最后只剩下一个称为拉反正身上带着那张每天可以使用百万的卡，陈源在距离元帅府大约五百公里的地方帮父母和弟弟买了一套房子，还有一辆给他们代步的飞车，最后他还想留一些钱，不过父母都说他们这次逃出来的时候，把家里的积蓄都带着了。普达（Laputa）的飞行城市仍然留在空中，隐藏在激烈风曝的云层中。大部分的人认为它是虚构的，而有些人则相信它是存在的，并且试图寻找这座古代的城市。
在矿场工作的少年柏斯（Pazu）发现一位少女从天而降，于是柏斯将这位名叫希达（Sheeta）的少女安置在家中。希达拥有一个蓝铯的结晶，据说可以保佑她的安全。但是军队与海盗都在觊觎这块称为飞行石的宝石，柏斯与希达于是开始逃亡。后来军方捉到了希达并且得到飞行石，柏斯虽然救回希达但是飞行石仍然落入穆斯卡（Muska）的手中，因为飞行石仍够指引前往拉普达的方向，于是穆斯卡大佐随后率领军队准备前往拉普达而统治世界。柏斯与希达为了抢回飞行石并阻止他们，于是搭上了海盗的飞船前往拉普达……
